현재 여수시 주삼동 삼동지구에 2020년까지 400여억 원을 들여 산학융합캠퍼스와 기업연구관을 설립할 계획이다. 하지만 삼동지구는 1993~96년 한국과학기술연구원(KIST)의 환경영향평가에서 환경오염 및 안전사고 위험 등으로 주거에 부적합하다는 판정이 나온 뒤 1999년 정부방침으로 이주가 결정된 적이 있다.
이 때문에 여수시의회는 산학융합캠퍼스의 부지가 교육환경으로 부적절하고 환경문제 및 안전사고의 위험이 남아 있어 부지변경이 필요하다고 주장했다. 반면 본부는 여수시의 주장이 20년 전의 조사 결과라 불확실하고, 여수산단의 문제점들은 이미 개선했다는 입장이다.
여수캠퍼스(여캠)의 학생감소와 상권약화에 대한 문제 또한 지적되고 있다. 시의회는 기존 학과를 이전함으로써 여캠 주변의 공동화와 미평·둔덕의 상권 붕괴를 가져올 것이라는 입장이다.
김경민 산학협력본부장은 “학생들의 교육환경에 문제가 없는지 교육환경영향평가를 진행 중이다”며 “결과를 지켜본 뒤 차후 협의해 나갈 사항이다”고 전했다. 이어 학과 이전문제에 대해 “1, 2학년 때는 기존 캠퍼스에서 수업을 듣고 3, 4학년의 전공수업은 산학융합캠퍼스에서 진행할 계획이다”며 “학생들의 생활근거지는 여캠으로, 셔틀버스를 운행해 문제가 없다”고 밝혔다.
한편 산학융합캠퍼스는 2017년 8월 개교를 목표로 2019년까지 학과를 이전해서 213명의 학생을 수용할 계획이다.