1980년대 말 민주화의 흐름에 따라 도입된 총장직선제는 대학 사회의 구조와 민주화에 많은 기여를 했다. 구성원의 합의를 바탕으로 선출된 총장은 구성원과 쉽게 소통할 수 있었고 전 구성원이 대학운영의 일원임을 인식하는 계기가 되었다. 그런데 20여 년을 지나면서 총장직선제는 순기능을 무색케하는 많은 역기능들을 노정하면서 제도 자체의 용도폐기 위기에 놓여 있다. 극단적으로 “과거 민주 대 반민주의 산물인 총장직선제는 교수의 권익만을 옹호하는 제도라는 비판을 받고 있는 만큼 폐지해야 한다”고 주장하는 사람도 있다.
  최근 치러진 우리대학의 총장 선거도 불법선거 논란, 단속 제도의 미비, 구성원의 무관심, 선거 제도의 불투명성 등이 노출되었고, 총장으로 당선된 분도 “지난 20년간 악순환처럼 되풀이돼 온 총장 직선제의 폐해를 걷어낼 것”이라 천명할 만큼 우려스러운 상황이 되었다.
  총장 직선제는 분명 대학의 절차적 민주화에 크게 기여했다. 그러나 선거후유증으로 인한 학내 구성원의 분열, 총장의 독단적 학교 운영, 승자독식에 의한 패거리 집행부 구성, 견제 불능에 따른 정책 수정의 어려움 등의 부작용이 대부분 대학에서 일어나고 있는 것도 사실이다. 최근에는 총장 직선과 관련한 구성원 간의 갈등도 나타나고 있다. 많은 대학들에서 교수중심의 선출 방식을 직원과 학생들이 참여하는 방식으로 바꿀 것을 요구하는 목소리가 높아가고 있다.
  이러한 상황에서 국내의 사립대학을 중심으로 총장 직선제를 폐지하고 법인에서 총장을 임명하는 방식으로 바꾸는 사례가 늘고 있다. 정부도 국립대 총장 선출방식을 현행 교수 직선제에서 총장추천위원회가 선발하는 간선제로 바꾸고 원하는 대학부터 법인화를 추진하겠다는 국립대 개혁방안을 제시했다. 그러나 대학자율의 첫 열매인 총장직선제를 현재의 부작용만으로 용도폐기까지 논하는 것에 대한 아쉬움이 크다. 직선제에 의한 총장 선출로 우리는 교수사회의 독립성을 확보하였고 정부의 획일적이고 일방적인 대학정책이나 사학재단의 전횡에 대한 견제의 기능을 수행해 왔다. 직선제 총장은 대학의 효율성을 높이고 경쟁력을 강화하는데 불리하다는 논리는 맞지 않으며 과거 방식의 임명제는 도리어 각 대학의 특수한 상황을 도외시하는 결과를 초래할 것이다. 따라서 대학특성을 토대로 구성원들의 합의에 의한 합리적인 총장선출 제도를 도출해야 한다. 또 직선제의 폐해라는 것들도 선출방식의 문제라기보다 구성원들의 의식문제임을 직시해야 한다고 본다. 따라서 총장선출 방식의 개선 노력과 더불어 구성원들의 책임의식과 주인의식 고양이 필요하다고 본다. 오늘날 대학은 무한경쟁의 상황에 놓여 있다. 이러한 상황에서 대학 구성원들은 급변하는 대내외의 환경에 기민하고 효과적으로 대처할 수 있는 창조적 리더십을 갖춘 사람을 총장으로 선택하려는 자세가 필요하다. 훌륭한 총장은 제도가 아닌 의지로 선출해야 한다.